- Tres clubes vienen de la I fase y los cuales tienen la mayor responsabilidad, por cuanto deben sumarse a un grupo que ya viene con clasificación previa.
El Nacional de Quito, Ecuador, Alianza-Lima y Monagas de Venezuela lograron su paso a II fase de Copa Libertadores de América 2025, aunque no les alcanza aún para meterse en alguno de los 8 grupos de campeones y vicecampeones de sus respectivos países.
Por ende, quedaron eliminados Blooming, Nacional de Asunción y Defensor Sporting de Montevideo.
Para esta II fase se anuncia el debut de Deportes Iquique y Ñublense, representantes chilenos que quedaron en 3° y 4° lugar en este orden, del torneo anterior.
Así serán los emparejamientos:
Deportes Iquique vs. Independiente Santa Fe
The Strongest vs. Esporte Clube Bahía
Monagas de Maturín vs. Cerro Porteño
El Nacional vs. Barcelona de Guayaquil
Universidad Central de Mérida vs. Corinthians Paulista
Deportes Tolima vs. FC. Melgar de Arequipa
Atlético Boston River de Montevideo vs. Ñublense
Alianza-Lima vs. Atlético Boca Júniors